Качество воды, заключенной в метаморфических и глубинных изверженных породах, почти всегда превосходное. Исключение составляют аридные районы, где испарение ведет к концентрации солей в водах, идущих на питание подземных вод, а также районы, где погребенные или морские воды мигрируют в трещины пород. Воды доломитов и мраморов обычно отличаются средней или повышенной жесткостью. Воды серпентинитов, доломитов, габбро, амфиболитов и некоторых других пород обладают относительно высокими концентрациями магния по сравнению с содержанием кальция. Такие породы, как диорит и сиенит, бедные кварцем, но с высокой концентрацией других более растворимых силикатов, содержат кремний, концентрация которого в воде достигает 25—55 ч. на 1 млн., а кварцит, мрамор, кристаллический сланец и филлит обычно содержат кремния менее 30 ч. на 1 млн. Легран показал, что в штате Северная Каролина воды гранитов, гнейсов, слюдяных сланцев и риолитов обычно имеют слабокислую реакцию при медианных значениях общей минерализации всего лишь 71 ч. на 1 млн. и жесткости, составляющей только 23 ч. на 1 млн. Наоборот, воды в габбро, диоритах, роговообманковых гнейсах и андезитах обладают слабощелочными свойствами при медианных значениях общей минерализации до 223 ч. на 1 млн. и жесткости до 145 ч. на 1 млн.
Биологическое загрязнение подземных вод представляет проблему там, где водоносные породы покрыты тонким слоем почвы или этот покров вообще отсутствует. Даже если трещины имеют ширину, не превышающую 1 мм, патогенные организмы перемещаются в них гораздо свободнее, чем в обычных аллювиальных водоносных горизонтах. Эта проблема осложняется тем, что копаные колодцы имеют малую глубину и обычно не защищены от прямого попадания в них ливневого стока.
