Внутри скважин и в прилегающих водоносных зонах могут быстро развиваться некоторые типы бактерий. К счастью, патогенные организмы редко находят в воде скважин. Подземные воды, наиболее загрязненные органическим веществом, встречаются в районах распространения водоносных горизонтов, сложенных известняками, в которых имеются каверны и пустоты меньшего размера, облегчающие прямую связь между поверхностными и подземными водами. Загрязнение подземных вод также часто происходит, если скважины в техническом отношении плохо сооружены и в них проникают поверхностные воды. Подземные воды могут переносить бактерии таких болезней, как тиф, холера, амебная дизентерия и инфекционный гепатит.
Растворимые органические соединения могут проникать в неглубокие скважины и придавать воде определенный цвет, а иногда и неприятный запах. В воде скважин общее содержание органического вещества, исключая газы, редко превышает 15 ч. на 1 млн.
